Novel visual Clannad dibahagikan kepada dua buah segmen, ataupun babak cerita-"School Life" dan "After Story"- yang merupakan dua fasa berbeza dalam keseluruhan ceritanya. Pada permulaan kisah Clannad, hanya babak School Life sahaja yang boleh diakses oleh para pemain, namun setelah para pemain melengkapkan setiap senario yang terdapat dalam School Life, After Story kemudiannya boleh dimulakan. After Story dibuka para pemain menerusi pengumpulan lapan buah lampu, ataupun bebola cahaya yang didapati apabila salah satu senario watak Clannad dilengkapkan;[3] salah satu daripada cahaya ini akan hilang apabila masih berada dalam School Life, namun akan muncul kembali dalam After Story. School Life merupakan penceritaan kisah watak utama dalam tahun akhirnya di sekolah menengah, di mana dia berjumpa dengan setiap seorang watak di dalam permainan video ini, mahupun fokus utama tertumpu kepada lima gadis utama dalam kisahnya. After Story pula merupakan sambungan cerita kepada kisah hidup Nagisa, dan berlaku serta-merta selepas School Life apabila Nagisa dan Tomoya menjalani hidup mereka sebagai pasangan; kejadian ini berlaku selama sepuluh tahun. Watak-watak dari School Life juga turut muncul, namun tetap memainkan watak kecil berbanding watak mereka dalam babak awal itu. Untuk melihat pengakhiran sebenar Clannad, kesemua tiga belas bebola cahaya haruslah dikumpulkan.

Gaya permainan Clannad memerlukan interaksi yang sedikit daripada para pemain kerana kebanyakan daripada masanya, mereka hanya membaca teks yang muncul pada skrin paparan yang mewakili sama ada dialog di antara beberapa watak atau perasaan yang bermain di dalam minda watak protagonis. Suatu aspek penting dalam Clannad (termasuklah hampir setiap novel visual yang lain) adalah "titik keputusan" yang muncul dari semasa ke semasa, memberi para pemain beberapa buah pilihan yang terhad. Masa di antara titik-titik keputusan ini berbeza dan mungkin berlaku daripada seminit atau lebih lama lagi. Permainan Clannad akan berhenti pada titk-titik keputusan ini, dan bergantung kepada pilihan yang dilakukan oleh pemain, kisahnya akan berubah, diolah mengikut sebuah cerita yang tertentu. Terdapat lima buah plot yang boleh dialami oleh para pemain, satu untuk setiap gadis utama dalam kisah Clannad, dan terdapat tiga belas pengakhiran yang boleh dikecapi secara keseluruhannya. Setiap satu plot boleh dicapai melalui pengulangan permainan.

Clannad merupakan karya Key yang kedua terpanjang, seperti yang dilaporkan oleh Yūto Tonokawa di mana dia menyatakan bahawa Clannad adalah 4000 buah patah kata kurang berbanding judul 2008 mereka Little Busters! Ecstasy.[4] Meskipun kedua-dua buah karya Key yang lebih awal iaitu Kanon dan Air, telah dikeluarkan dahulu sebagai judul eroge dan kemudian disunting untuk pengeluaran umum sepertimana yang dilihat dalam kebanyakan judul permainan video bishōjo yang lain, Clannad sebaliknya merupakan judul keluaran umum dan tidak mengandungi sebarang unsur-unsur sebegitu mahupun sebarang jenis fan service.[2]